Tijdens en na de paarse kabinetten had het profiel van D66 sterk aan herkenbaarheid ingeboet. Met de komst van Alexander Pechtold in 2006 werd er aan een heldere lijn gewerkt, waarbij de staatkundige vernieuwing op het tweede plan geraakte.
In het programma voor de Tweede Kamerverkiezingen van 22 november 2006 presenteerde D66 zich als een pragmatische partij. Er werden vijf ‘richtingswijzers’ geformuleerd die – als de situatie erom vroeg – het handelen van D66 zouden bepalen, zoals ‘denk en handel internationaal’ en ‘vertrouw op de eigen kracht van mensen’. Uit deze laatste sprak misschien wel het belangrijkste D66-standpunt: minder macht bij de overheid en meer invloed en verantwoordelijkheid voor de burger. De titel van het programma, ‘Het gaat om mensen’, sprak in dat opzicht boekdelen. Tevens presenteerde de partij zich nadrukkelijker als ‘onderwijspartij’, door in het verkiezingsprogram met het onderwijs te beginnen.
In 2005 was de permanente programmacommissie ingesteld. In plaats van de commissies met wisselende samenstelling die voor elke Kamerverkiezing de programma’s opstelden moest er voortaan structureel aan de ideeënvorming worden gewerkt. De algemene ‘richtingwijzers’ dienden daarbij dan ook als handvatten voor de lange termijn. Deze werden consequent gebruikt om de herkenbaarheid van D66 te vergroten. In 2015 publiceerde de Mr. Hans van Mierlo Stichting, het wetenschappelijk bureau van D66, een vijftal essays waarin de richtingwijzers nader werden uitgewerkt.
‘We willen het anders’, het programma voor de Tweede Kamerverkiezingen 9 juni van 2010, borduurde voort op de soms kritische houding ten aanzien van de staat. De eigen verantwoordelijkheid van mensen, die zowel voor zichzelf als voor de maatschappij en het milieu kunnen zorgen, werd benadrukt. Daarvoor moest de overheid echter wel de mogelijkheid scheppen, door ‘de macht bij de mensen’ terug te leggen. Daarnaast had D66 ook concrete voorstellen op terreinen waar de overheid een voortrekkersrol moest nemen: zo wilde de partij investeren in het onderwijs, het ontslagrecht versoepelen, meer groene energie, de AOW-leeftijd verhogen en de hypotheekrenteaftrek beperken.
In de campagne voor de Tweede Kamerverkiezingen van 12 september 2012 draaide het, onder andere door de Griekse schuldencrisis, om de thema’s Europa en economie. In haar programma was de partij klip en klaar: ‘D66 kiest voor Europa’. Verder moesten de financiële problemen waar Nederland en Europa in verkeerden aangepakt worden door stevig te bezuinigen. ‘Allereerst moet de overheid haar financiën op orde brengen, maar tegelijkertijd kan zij ruimte maken en gericht investeren’. Door in te zetten op innovatie en flexibilisering van de arbeidsmarkt kon de economie hervormd worden om zo ‘nieuwe welvaart’ te creëren.
In haar programma voor de Tweede Kamerverkiezingen van 15 maart 2017 stelde D66 dat het goed ging met Nederland, maar dat de ongelijkheid groot en ook groeiende was. Deze moest bij de oorzaak aangepakt worden: ‘gelijke kansen voor iedereen.’ Met name door extra investeringen in het onderwijs diende dit gerealiseerd te worden. Hiermee werd een vervolg gegeven aan de lijn die met de zogeheten ‘onderwijstour’ van 2013 was ingezet. Tevens was er in het programma veel aandacht voor het milieu en duurzame groei.
