2006 - 2020

Toen Alexander Pechtold in 2006 aantrad als partijleider verkeerde D66 opnieuw in een crisis, ditmaal als gevolg snel wisselende partijleiders en de dramatisch verlopen deelname aan het tweede kabinet-Balkenende. Door de populariteit van Pechtold en de hervorming van de partijorganisatie stroomden leden en kiezers toe en groeide D66 weer uit tot een stabiele middenpartij. In 2017 trad zij toe tot het derde kabinet-Rutte.

Aan het aanhoudende electorale verlies van D66 sinds 1994 kwam onder leiding Alexander Pechtold een einde. Als lijsttrekker bij de Tweede Kamerverkiezingen van 22 november 2006 behaalde Pechtold slechts drie zetels, maar na dit absolute dieptepunt deed de partij het steeds beter. Van 2006 tot 2017 maakte D66 deel uit van de oppositie, maar wel sloot zij samen met andere partijen verschillende beleidsakkoorden met het eerste- en tweede kabinet-Rutte. Bij de Tweede Kamerverkiezingen van 15 maart 2017 kwam D66 uit op negentien  zetels, waarna de partij toetrad tot het derde kabinet-Rutte.

Tijdens en na de paarse kabinetten had het profiel van D66 sterk aan herkenbaarheid ingeboet. Met de komst van Alexander Pechtold in 2006 werd er aan een heldere lijn gewerkt, waarbij de staatkundige vernieuwing op het tweede plan geraakte.

Met slechts drie zetels bij de Tweede Kamerverkiezingen van 22 november 2006 belandde D66 in een crisis. Onder de nieuwe partijleider Alexander Pechtold kwam de partij voor de derde keer in haar bestaan terug.

De Europese verkiezingen van 2009 en 2014 stonden in het teken van de groeiende euro­scepsis. Het pro-Europese D66 kwam daarbij vaak tegenover de PVV te staan, die in 2012 eiste dat Nederland uit de Europese Unie zou stappen.