Na het vertrek van partijleider Hans van Mierlo – die staatkundige vernieuwing hoog in het vaandel had staan – ging D66 zich breder profileren, mede door tegenvallende electorale resultaten. Voor het eerst in de partijgeschiedenis stelde de partij een soort beginselprogramma op en tooide zij zich met het ideologische etiket sociaal-liberaal.
In Bewogen in beweging, het bijna 50.000 woorden tellende programma voor de Tweede Kamerverkiezingen van 6 mei 1998, blikte D66 als regeringspartij relatief tevreden terug op de periode van het eerste ‘paarse’ kabinet met PvdA en VVD, waarin de Nederlandse economie flink was gegroeid. De partij meeende wel dat economische vooruitgang niet ten koste mocht gaan van het milieu. Dat D66 zich tegelijkertijd een jaarlijkse economische groei van drie procent ten doel stelde, leidde intern tot kritiek. Zo vond de voorzitter van de programmacommissie Michel van Hulten dat dit niet strookte met het duurzaamheidsstandpunt. Verder maakte de partij zich in haar programma sterk voor de mogelijkheid van euthanasie.
Had D66 ondanks vele discussies altijd afstand gehouden van een ideologisch etiket, in november 1998 stemde het partijcongres op initiatief van de interne pressiegroep ‘Opschudding’ in met het aannemen van de benaming ‘sociaal-liberaal’. Opschudding was exponent van een jongere generatie D66’ers, die meer herkenbaarheid en een duidelijker profiel van de partij voorstonden. In 2000 presenteerde het hoofdbestuur een zogeheten ‘doelverklaring’ met de titel 'Uitgangspunten van de Democraten', wat neerkwam op een beginselprogramma. Het hierin verwoorde streven naar een samenleving die ‘vrij, mondig, betrokken en gelijkwaardig’ was, was weinig verrassend, maar wel de eerste keer dat het als een beginsel werd vastgelegd.
In het programma voor de Tweede Kamerverkiezingen van 15 mei 2002, Toekomst in eigen hand geheten, zette D66 zich in voor een ‘overheid die doet wat ze moet doen, die begrijpt dat ze geen doel op zichzelf is.’ De nadruk lag op bestuurlijke vernieuwing, onder andere door de verkiezing van de burgemeester en nieuwe inspraakmogelijkheden als het referendum. Het programma was met 16.955 woorden beduidend bondiger dan die van de voorgaande jaren.
Dat democratisering verder ging dan enkel de zogeheten ‘kroonjuwelen’ liet D66 ook zien in het programma voor de Tweede Kamerverkiezingen van 22 januari 2003. Juist nu! was een pamflet – een beknopte aanvulling op het programma van 2002. Bij democratisering ging niet uitsluitend om een stelselwijziging, maar vooral om een echte cultuurverandering. ‘Democratie is meer dan Haags geneuzel. Daarom willen wij dat de juiste mensen zijn vertegenwoordigd in de besturen van scholen, van pensioenfondsen en van ziekenhuizen.’ Daarnaast probeerde D66 zich net als in 2002 ook op de thema’s onderwijs, wetenschappelijk onderzoek en milieu te profileren.
Over staatkundige vernieuwing raakte D66 intern steeds meer verdeeld. Oudgedienden als Van Mierlo en Thom de Graaf stonden tegenover veelal jonge D66’ers, die vonden dat de partij zich ook op andere punten moest profileren. ‘Veel mensen associëren D66 bijna uitsluitend met een streven naar bestuurlijke vernieuwing,’ stelde fractievoorzitter Boris Dittrich in een pamflet, dat de weg plaveide voor een nieuwe hervormingsagenda. Zo ging D66 zich steeds meer als ‘onderwijspartij’ presenteren. Electoraal zette dit vooralsnog echter geen zoden aan de dijk.
