Toen Hans van Mierlo voor de tweede keer partijleider en landelijk lijsttrekker was, speelden zijn bekendheid en populariteit soms een grote rol in de verkiezingscampagnes. Zo werd bij de gemeenteraadsverkiezingen van 19 maart 1986 op flyers gebruik gemaakt van de slogan ‘Straks Van Mierlo, nu …’, waarbij op de puntjes de naam van de lokale lijsttrekker in gevuld diende te worden. Datzelfde jaar werd bij de Tweede Kamerverkiezingen van 21 mei de leus ‘Andere politiek’ gebruikt, waarmee D66 zich nadrukkelijk afzette tegen de gevestigde orde. Het Van Mierlo-effect markeerde met negen zetels het begin van het electorale herstel van D66.
Bij de Tweede Kamerverkiezingen van 6 september 1989 behaalde D66 twaalf zetels en ook bij de verkiezingen voor de gemeenteraden en de Provinciale Staten in 1990 respectievelijk 1991 werd behoorlijk gewonnen. Daarnaast wist de partij beter lager opgeleiden aan zich te binden en kreeg zij voet aan de grond in het door de PvdA gedomineerde noorden van het land. In 1989 werd D66 nog door het CDA en ten dele de PvdA buiten het derde kabinet-Lubbers gehouden. D66 voerde ‘oppositie voor het kabinet’, zoals Van Mierlo het noemde; in de peilingen bleef zijn partij stijgen.
D66 presenteerde zich als hét alternatief voor de gevestigde partijen. Zij zette zich vooral af tegen het CDA. Vanaf 1918 hadden confessionele partijen de spil gevormd van het landbestuur, vanaf 1977 in de vorm van het CDA. Van Mierlo wilde dat er een einde kwam aan de christendemocratische dominantie. ‘Dit is het moment’ was de slogan van de campagne voor de Tweede Kamerverkiezingen van 3 mei 1994. D66 zag zichzelf politiek doorbreken; ‘niet langer gedwongen langs de zijlijn, maar in het midden van het politieke bedrijf.’
De eerste winst kwam met de gemeenteraadsverkiezingen van 2 maart 1994, waarbij de partij bijna de helft meer stemmen haalde dan vier jaar eerder. Vervolgens zorgde de Tweede Kamerverkiezingen van 3 mei 1994 voor een enorme politieke aardverschuiving. Het CDA en de PvdA verloren zwaar; D66 kwam uit op recordaantal van 24 zetels.
Voor het eerst sinds 1918 bleven de christendemocraten buiten de regering: PvdA, VVD en D66 vormden hun eerste ‘paarse’ coalitie. In het eerste kabinet-Kok trad Van Mierlo aan als minister van Buitenlandse Zaken en vicepremier. Binnen de regering fungeerde D66 vooral als bruggenbouwer tussen de twee oude aartsvijanden PvdA en VVD. Haar eigen standpunten op bijvoorbeeld het gebied van staatrechtelijke vernieuwing kwamen maar weinig voor het voetlicht. Vanuit de partij kwam hierop kritiek. Zo vond Gerrit-Jan Wolffensperger, die Van Mierlo als fractievoorzitter was opgevolgd, dat de fractie te veel gevangen zat in het keurslijf van het kabinet.
In deze kabinetsperiode kwamen verscheidene D66-ministers onder vuur te liggen. Zo kwam minister van Justitie Winnie Sorgdrager negatief in de media als gevolg van een botsing met de voorzitter van het College van Procureurs-Generaal, Arthur Docters van Leeuwen. De gebrekkige inhoudelijke profilering en de ministeriële misstappen resulteerden in electorale achteruitgang. Na de teleurstellend verlopen Provinciale Statenverkiezingen van 8 maart 1995 verloor D66 vijf van haar twaalf zetels in de Eerste Kamer.
