Na het aantreden van de nieuwe partijleider Hans van Mierlo in 1985 liet D66 de tweede crisis in haar bestaan achter zich. Bij de Tweede Kamerverkiezingen van 21 mei 1986 boekte de partij weer winst. Met het herstel speelden ook weer de gebruikelijke knelpunten in de partijorganisatie op. Een daarvan was het gebrekkig functionerende direct-democratische partijcongres, waardoor leden onvoldoende aan de besluitvorming zouden kunnen deelnemen.
In 1987 bracht de Adviesgroep Partijstructuren haar rapport uit. Vastgesteld werd dat de congressen weliswaar voor alle leden toegankelijk waren, maar in de praktijk niet het ‘sluitstuk [vormden] van een brede politieke discussie in de partij’ en bovendien vaak slecht werden bezocht en rommelig waren georganiseerd. De Adviesgroep stelde voor om de in 1973 ingestelde Adviesraad in te ruilen voor een ‘ledencollege’ met meer bevoegdheden, dat het partijcongres moest ontlasten. In het hoofdbestuur zouden niet langer regionale vertegenwoordigers zitting moeten hebben. Uiteindelijk kwam er van de plannen weinig terecht; het partijcongres van februari 1988 had geen behoefte aan structuurwijzigingen. Een nieuwe poging in 1992 om het hoofdbestuur (weer) rechtstreeks door het partijcongres te laten kiezen in plaats van door de regio’s haalde het evenmin.
Tegen de achtergrond van de grote successen bij de verkiezingen voor de gemeenteraden en de Provinciale Staten aan het begin van de jaren negentig en het toenemende ledental – in 1992 telde D66 er zo’n 13.000 – stelden hoofdbestuur en Tweede Kamerfractie opnieuw een werkgroep in die moest bezien hoe de partijorganisatie kon worden verbeterd om de electorale en ledengroei op te vangen. In 1993 verscheen het rapport Nieuwe lijnen van de werkgroep Partijorganisatie, dat weer aanleiding was voor een nieuwe commissie, die een jaar later het rapport Openheid en democratie gewaarborgd presenteerde. Het bezinningsproces resulteerde uiteindelijk in 1995 in het rapport Ruimte voor politiek. Een van de belangrijkste aanbevelingen was om de ideeënvorming in de partij van onderop te professionaliseren. Er moesten regionale debatpodia komen en ook een ‘kennis-en-kunde-bank’, die de beschikbare kennis van de partijleden beter zou structureren. Verder was er meer aandacht nodig voor de opleiding en scouting van talent.
Omdat het direct-democratische kiessysteem voor Tweede Kamerkandidaten in de praktijk de kwaliteit en evenwichtigheid van de kieslijst niet per se ten goede kwam, werd bij de Tweede Kamerverkiezingen van 1986 voor het eerst een stemadviescommissie ingesteld, die al in 1978 in de reglementen was opgenomen. Deze moest de partijleden bij de rangordening van de kandidatenlijst helpen bij de beoordeling van de vele vaak onbekende kandidaten en ook de noodzaak van een evenwichtig samengestelde Kamerfractie daarbij betrekken. Hoewel de leden zich in theorie niets van dit sturende advies hoefden aan te trekken, werd het bij de Kamerverkiezingen van 1986, 1989 en 1994 nagenoeg geheel overgenomen.
Aan het einde van 1991 maakte het al langer bestaande Gemeentelijk Provinciaal Overleg (GPO) plaats voor de Bestuurdersvereniging, die de activiteiten van gekozen en benoemde D66-bestuurders professioneel moest gaan ondersteunen. Het partijcongres van maart 1992 besloot dat de Bestuurdersvereniging een bijzonder orgaan van de partij diende te worden. Op 13 juni 1992 werd de Bestuurdersvereniging formeel opgericht.
