Binnen D66 bestonden altijd reserves ten aanzien van aparte organisaties voor jongere en vrouwelijke leden. Binnen de partij waren alle leden gelijk en gelijkgerechtigd; afzonderlijke categorale organisaties zouden de integratie van deze groepen in de partij alleen maar belemmeren. Wat betreft de jongeren kon D66 de interne druk echter niet weerstaan. Het in 1979 opgerichte Jongeren Aktiverings Centrum maakte in 1984 plaats voor de Jonge Democraten, de jongerenorganisatie van D66. Tegenwoordig staat het lidmaatschap open voor iedereen van 11 tot en met 30 jaar. In 2021 waren meer dan 4000 jongeren lid van de vereniging. Alhoewel ze zich het meest verbonden voelen met D66 zijn de Jonge Democraten een onafhankelijke organisatie met een eigen politiek programma. Lokale afdelingen zijn er momenteel in Amsterdam, Arnhem-Nijmegen, Brabant, Fryslân, Groningen, Leiden-Haaglanden, Utrecht, Rotterdam, Wageningen.
De Jonge Democraten hebben een landelijk bestuur dat verantwoordelijk is voor de algemene gang van zaken en de lokale afdelingen ondersteunt. Daarnaast kent de organisatie een tiental landelijke teams en netwerken die op verschillende wijze bijdragen aan de vereniging. Dit zijn bijvoorbeeld commissies ten behoeve van de campagne, financiën en ICT, maar ook werkgroepen die zich bezighouden met het opzetten van internationale netwerken in Latijns-Amerika, Noord-Amerika en het Midden-Oosten.
In veertien Politieke Werkgroepen met aan het hoofd een portefeuillehouder wordt het gedachtegoed van de Jonge Democraten verder ontwikkeld en kennis verspreid over een breed scala aan onderwerpen: van defensie tot duurzaamheid en van democratie tot digitalisering. Deze werkgroepen organiseren bijeenkomsten over hun specifieke onderwerp waar kennis wordt gedeeld en resoluties voor het verkiezingsprogramma van D66 worden opgesteld.
Drie maal per jaar organiseren de Jonge Democraten een congres waar een algemene ledenvergadering wordt belegd. Tevens brengen ze het online ledenmagazine DEMO uit en wordt ieder jaar de Jan Willem Bertens Trofee uitgereikt aan een lid dat zich bijzonder verdienstelijk heeft gemaakt voor de vereniging. De Jonge Democraten zijn daarnaast aangesloten bij de Europese koepelorganisatie LYMEC (European Liberal Youth) en de internationale koepelorganisatie IFLRY (International Federation of Liberal Youth).
